Tres instancias ejecutivas (Consejo, Comisión Directiva, Secretaría Ejecutiva):
El Consejo es el órgano superior de dirección entre asambleas, integrado por 26 ciudades (2 titulares y 2 suplentes por Argentina, Brasil, Paraguay, Uruguay y Venezuela, y 1 titular y 1 suplente por Bolivia, Perú y Chile).
La Secretaría Ejecutiva (SE) es la instancia responsable de velar por la coordinación general del trabajo de las diversas instancias de la red (particularmente el Consejo y las Unidades Temáticas), de difundir los documentos e informaciones generales y de representar oficialmente a la Red de Mercociudades. El mandato de la Secretaría Ejecutiva es anual, y comienza a partir de la fecha en que se realiza la Asamblea General.
La Comisión Directiva (CD) es un organismo de apoyo a la Secretaría Ejecutiva en los trabajos de coordinación de la Red, compuesto por 3 ciudades (la anterior, la actual y la futura Secretaría Ejecutiva). De esta forma se logra una coordinación de gestión en los traspasos de la Secretaría Ejecutiva.
Buenos Aires es miembro titular del Consejo, coordina la UT Educación, co-coordina la UT Cultura y sub-coordina la UT de Desarrollo Urbano.